Pemodelan sistem akar tumbuhan

Buat ibu dan bapak dari ilmu hayati, berikut artikel tentang piranti lunak pemodelan sistem akar tumbuhan yang ditulis sebagai preprint di server BiorXiv (tautan). Time/date stamp (penanda waktu unggah) yang ada di bagian header adalah salah satu penangkal upaya scooping (duplikasi ide) secara disengaja.

Continue reading Pemodelan sistem akar tumbuhan

Mengorek jumlah makalah berbahasa Indonesia dalam basis data DOAJ dan hubungannya dengan parameter lainnya dari data Bank Dunia

Berawal dari “Negara penghasil ilmu pengetahuan”

Saya sangat tertarik dengan blog post Prof. Hendra Gunawan tentang “Negara penghasil ilmu pengetahuan”. Di dalamnya mentor saya ini menyampaikan data yang diambil dari basis data ScimagoJR.

Continue reading Mengorek jumlah makalah berbahasa Indonesia dalam basis data DOAJ dan hubungannya dengan parameter lainnya dari data Bank Dunia

Basi vs kolaborasi

Blogging your science doesn’t necessarily degrade the value of your results. It attracts attentions and feedbacks. The second best thing is, still, it will attract more attentions and feedbacks. That way you can have more confident and more iterations in the analysis when you write it as a formal article. That’s how you should be working on your science these days.

Instead of making your work obsolete, blogging attracts collaboration

If you say, “blogging your research will make it obsolete (basi)”, well I might say the other way around. It will bring collaboration (kolaborasi). Put it this way. The more people involve in your work, the more thoughts you can gather, and the more information you can harvest.

Blogging avoids of getting scooped

Getting scooped is when your ideas or your work (part of complete version), is done by someone else before you can even finish it.

  • One case, someone might look at your data without you know it, then use it in his/her analysis and finish it way faster than you.
  • Another case, someone doesn’t know you and know your work, coincidentally work on the same thing as you do, and finish it before you do.
Icecream ball
Credit: Flickr/cascadianfarm (CC-BY-NC)

Let put it again in another perspective. You will create time stamp and by blogging your results. Any article based on the same ideas and writing published after that time stamp and it doesn’t acknowledge your work, then it should be thoroughly questioned.

On the other side, we’re dealing with the long and winding road of peer-review process. It can take a while, since you submit your paper until a stamp says “Accepted”, arrived in your mailbox.

One might say to you, “don’t blog your results before having them written in a peer-reviewed article” or “you might got scooped”, or “your ideas might got stolen” etc. Well they may have their point. But, having it openly accessible, will make your work got noticed by the community and let them build their based on yours.

Unless well, if you’re a CERN scientist working on some colliding atoms to make a secret new source of energy. Which is unlikely. We’re just an ordinary scientists, looking of ways to contribute our knowledge to society. No more, no less.

Here’s a good video from Gary King, a Harvard professor, to convey my above-mentioned message. I found this video in this post: The fear of being scooped: share your work.

Identifying hidden pattern in the hot water dataset using R

The following abstract is part of our full report on our small research funded by ITB Research Grant 2016. The code and dataset are available here and the Markdown Source of the complete report can be find here.

Continue reading Identifying hidden pattern in the hot water dataset using R

(accepted) Topic Modeling: An Approach for Research Design

The following abstract is accepted for the upcoming 6th International Conference on Educational, Management, Administration and Leadership (6th ICEMAL 2016) will be held on August 28, 2016 in Bandung, Indonesia. Below I’ve updated with pre-event video presentation.

————————————-

Topic Modeling: An Approach for Research Design

Dasapta Erwin Irawan (a*), Adhi Priyambodho (b)

a) Faculty of Earth Sciences and Technology,
Bandung Institute of Technology
Jalan Ganesha 10, Bandung 40132, Indonesia
*erwin@fitb.itb.ac.id

b) Faculty of Water Resources,
TU Delft, The Netherlands

Abstract

Research design has been a major problem for early career researcher, especially PhD students. This paper discusses new approach to assist a researcher choosing their research topic based on previous papers/studies. Here we use open source tools (Vosviewer and Zotero reference manager) to visualize research topic under keywords “groundwater Jakarta” from close to 256 papers harvested from Google Scholar and Crossref scientific database. Using this approach we can identify the change of main research issues in groundwater resources from the 70s to date. We also see the research flow path during the period and determine new interesting subtopics. Based on the result we believe that this technique is applicable for postgraduate students

Keywords: topic modeling, data visualization, reference manager

Topic: Internet technologies in Education

Full paper and other resources (datasets, images) are stored here, and the slide v1.0 is already available on SpeakerDeck.

 

Lima hal dalam menulis yang mestinya (tidak) begitu

resume-typo
(image dipinjam dari dari: http://danarmishaw.com/typographical-error-may-trash-job-application/)

Blogpost ini masih draft jadi maaf kalau masih acak-acakan. Berikut ini adalah beberapa hal yang sering (setiap saat) saya jumpai dalam skripsi, yang mestinya tidak begitu. Kali ini saya awali dari halaman paling belakang.

  1. Daftar pustaka tidak lengkap. Kalau yang ini sudah biasa kan. Belum lagi kalau bicara formatnya. Gunakan reference/citation manager untuk hal ini.
  2. Kesimpulan berisi daftar bernomor tentang seluruh hasil yang sudah disampaikan di Bab Hasil/Analisis. Karena berupa daftar (dan) bernomor, maka penyampaikan lebih seperti cek list apa saja yang sudah didapatkan dari riset. Mestinya hasil-hasil tersebut dalam bentuk paragraf dapat digunakan untuk membuat rumusan hasil-hasil (findings) yang signifikan dari riset. Dalam kesimpulan juga jamak dimasukkan rekomendasi atau saran atau arahan penelitian lanjutan.
  3. Satu bab terdiri dari satu sub bab, atau satu sub bab terdiri dari satu sub sub bab. Mestinya satu level heading hanya bisa dibuat turunan bila ada minimum dua sub heading.
  4. Sedikit tambahan kesalahan lainnya, Gambar dan tabel tidak dirujuk dalam teks. Mestinya penulis bisa menggunakan fasilitas “add caption” dan “insert cross-reference”. Kalau anda menggunakan fasilitas itu, maka urutan nomor gambar/tabel dan rujukannya dalam teks akan otomatis berubah kalau ada tambahan gambar/tabel atau diubah urutannya. Fasilitas ini sejak jaman WordStar atau ChiWriter sudah ada. Software apa itu? tanya kakek anda.
  5. Halaman dalam Daftar Isi, Daftar Tabel, dan Daftar Gambar tidak sesuai. Mestinya anda dapat menggunakan fasilitas “insert TOC” dan “insert table of figures/tables”. Fasilitas ini juga sudah ada sejak gedung Microsoft masih berupa garasi.

Silahkan dicermati dan (mungkin) perlu dilupakan.

Salam,

@dasaptaerwin

So many ways to define originality? [Part 2]

Mengenai originality, saya menemukan satu artikel menarik yang ditulis oleh sekelompok peneliti (Michèle Lamont, Marcel Fournier, Joshua GuetzkowGrégoire
Mallard and Roxane Bernier), berjudul “Evaluating creative minds: the assessment of originality in peer review”, pada tahun 2007. Makalah tersebut dapat diunduh dari tautan http://www.gregoiremallard.com/site/Articlesfiles/Arnaud-10.pdf.

3125522033_ed64720326_q

(ilustrasi dipinjam dari: https://www.flickr.com/photos/lastyearsgirl_)

Dari yang telah saya baca sekilas, paper ini dibangun dari data interview secara personal kepada para reviewer grant funding di AS. Sebanyak 10 funding panel diinterview mengenai proses reviewing mereka. Seluruh funding panel berasal dari bidang ilmu sosial. Sebanyak 78 interview telah dilakukan, namun hanya 42 yang digunakan dalam analisis akhir.

Tentunya hasil yang akan disampaikan hanya akan relevan untuk ilmu sosial, belum tentu sama dengan bidang ilmu pasti atau engineering. Dari paper ini dapat dilihat bahwa para juri ini menentukan aspek originalitas dari kombinasi sisi subyektif dan sisi obyektif. Sisi subyektifnya lebih banyak ditentukan oleh keyakinan pengusul terhadap materi proposalnya. Reaksi psikologis yang menunjukkan ketidakyakinan terhadap originalitas, akan secara drastis menurunkan penilaian. Dari sisi kuantitatif, tim juri mencoba menilainya berdasarkan pemahaman umum tentang suatu bidang ilmu dan turunannya. Hal ini mereka baca di bagian tinjauan pustaka.

Sedikit mendetilkan sisi kuantitatifnya, saya beberapa kali juga mencoba menguji originalitas dari beberapa tugas akhir mahasiswa, baik S1, S2, maupun S3 (kalau untuk level S3 sebenarnya masih kurang PD). Sering sekali komponen ini memang agak terlupakan khususnya untuk mahasiswa S1 dan S2. Padahal ada kebiasaan baik di prodi saya, Teknik Geologi, untuk membuat Peta Indeks Penelitian Terdahulu. Isinya peta skematik yang menjelaskan siapa saja yang telah meneliti suatu daerah, mana batasnya, dan kapan itu dilakukan. Contohnya akan saya carikan ya, sabar. Atau ada yang mau menyumbangkan petanya?

Peta tersebut sangat baik untuk menjelaskan seberapa jauh dan seberapa luas, peneliti sebelumnya telah bekerja. Biasanya selain peta indeks tersebut, untuk level S2, juga diminta membuat struktur kata kunci topik yang digunakan dalam penelitian-penelitian terdahulu tersebut. Dari pohon topik (topic modeling tree) tersebut dapat dipahami seberapa dalam materi yang diobservasi, dianalisis, dan disimpulkan oleh periset terdahulu. Tentunya hal ini perlu dibahas lebih dalam di S2 dibanding di level S1. Contohnya juga akan saya carikan. Sabar.

Berkaitan dengan pengujian originalitas, hal yang biasa kita lakukan adalah sebagai berikut. Langkah-langkah ini merupakan hasil magang cukup lama pada peneliti senior, baik di lingkungan ITB (para pembimbing S1,S2,S3), Dikti, LPDP, dan yang terakhir saat mengikuti program posdok di University of Sydney. Untuk menguji originalitas, saya biasanya membaginya ke dalam dua arah. Arah pengujian vertikal, yakni berkaitan dengan waktu dan lingkup substansi (pohon topik riset atau disebut juga topic modeling), serta arah pengujian horizontal, berkaitan dengan penelitian-penelitian sejenis di daerah lain.

Secara vertikal saya biasanya mengurutkan lingkup topik menjadi demikian, misalnya (format pohonnya menyusul ya):

  1. Hidrogeologi
    • kawasan gunung api
      • tua atau muda
      • strato atau non strato
      • soliter atau kompleks gunung api
    • kelompok topik 1:
      • hidrokimia
      • hidrogeofisika
      • kontaminan
    • kelompok topik 2:
      • identifikasi kawasan imbuhan
      • identifikasi sistem akuifer

Kemudian saya pilih, topik yang paling terkait dengan skripsi yang sedang saya baca. Demikian contohnya kira-kira. Saya yakin, bapak dan ibu dapat mencari contoh yang sejenis.

Selanjutnya saya melihat variasinya secara horisontal, dengan kata lain, melihat topik sejenis yang diaplikasikan di daerah lain. Besar kemungkinan juga dalam bentuk skripsi. Dari sini saya mencoba menarik beberapa kemungkinan originalitas dari skripsi tersebut.

Dan percayalah. Sangat original.

Simak juga post selanjutnya Formatting (undergrad) thesis to publication. Sebagian materinya sudah diterbitkan sebagai seri tweet dari akun twitter www.twitter.com/belajargeologi.

Every point on this earth holds a piece of originality

Date: 2015-08-13, Thu

Author: Dasapta Erwin Irawan

Org version 7.9.3f with Emacs version 24

Validate XHTML 1.0