Category Archives: Writing

Research sphere and citation connections

Yth pembaca, semoga menikmati libur panjangnya. Saya bukannya tidak libur, saya juga libur tapi di sela-sela waktu, saya berhasil mencuri waktu untuk membuat dua buah diagram yang akan saya jelaskan di bawah ini: research sphere dan citation connections.

Continue reading Research sphere and citation connections

Advertisements

Mengorek jumlah makalah berbahasa Indonesia dalam basis data DOAJ dan hubungannya dengan parameter lainnya dari data Bank Dunia

Berawal dari “Negara penghasil ilmu pengetahuan”

Saya sangat tertarik dengan blog post Prof. Hendra Gunawan tentang “Negara penghasil ilmu pengetahuan”. Di dalamnya mentor saya ini menyampaikan data yang diambil dari basis data ScimagoJR.

Continue reading Mengorek jumlah makalah berbahasa Indonesia dalam basis data DOAJ dan hubungannya dengan parameter lainnya dari data Bank Dunia

Basi vs kolaborasi

Blogging your science doesn’t necessarily degrade the value of your results. It attracts attentions and feedbacks. The second best thing is, still, it will attract more attentions and feedbacks. That way you can have more confident and more iterations in the analysis when you write it as a formal article. That’s how you should be working on your science these days.

Instead of making your work obsolete, blogging attracts collaboration

If you say, “blogging your research will make it obsolete (basi)”, well I might say the other way around. It will bring collaboration (kolaborasi). Put it this way. The more people involve in your work, the more thoughts you can gather, and the more information you can harvest.

Blogging avoids of getting scooped

Getting scooped is when your ideas or your work (part of complete version), is done by someone else before you can even finish it.

  • One case, someone might look at your data without you know it, then use it in his/her analysis and finish it way faster than you.
  • Another case, someone doesn’t know you and know your work, coincidentally work on the same thing as you do, and finish it before you do.
Icecream ball
Credit: Flickr/cascadianfarm (CC-BY-NC)

Let put it again in another perspective. You will create time stamp and by blogging your results. Any article based on the same ideas and writing published after that time stamp and it doesn’t acknowledge your work, then it should be thoroughly questioned.

On the other side, we’re dealing with the long and winding road of peer-review process. It can take a while, since you submit your paper until a stamp says “Accepted”, arrived in your mailbox.

One might say to you, “don’t blog your results before having them written in a peer-reviewed article” or “you might got scooped”, or “your ideas might got stolen” etc. Well they may have their point. But, having it openly accessible, will make your work got noticed by the community and let them build their based on yours.

Unless well, if you’re a CERN scientist working on some colliding atoms to make a secret new source of energy. Which is unlikely. We’re just an ordinary scientists, looking of ways to contribute our knowledge to society. No more, no less.

Here’s a good video from Gary King, a Harvard professor, to convey my above-mentioned message. I found this video in this post: The fear of being scooped: share your work.

Mining PLOS and PubMed data

Intro

This post was inspired from Jon Tennant’s post on his blog (here). He was talking about the number of papers on paleontology field published in PLOSone. His post was mainly based on his code using `rplos` package (Github repo/CRAN repo) from `ropensci` community. Jon’s post was kind of fire up my R life again, especially in the field of text mining. So in this post, I will connect this original post with my research about analyzing biodiversity of Cikapundung riverbank area (on Figshare).

Continue reading Mining PLOS and PubMed data

Lima hal dalam menulis yang mestinya (tidak) begitu

resume-typo
(image dipinjam dari dari: http://danarmishaw.com/typographical-error-may-trash-job-application/)

Blogpost ini masih draft jadi maaf kalau masih acak-acakan. Berikut ini adalah beberapa hal yang sering (setiap saat) saya jumpai dalam skripsi, yang mestinya tidak begitu. Kali ini saya awali dari halaman paling belakang.

  1. Daftar pustaka tidak lengkap. Kalau yang ini sudah biasa kan. Belum lagi kalau bicara formatnya. Gunakan reference/citation manager untuk hal ini.
  2. Kesimpulan berisi daftar bernomor tentang seluruh hasil yang sudah disampaikan di Bab Hasil/Analisis. Karena berupa daftar (dan) bernomor, maka penyampaikan lebih seperti cek list apa saja yang sudah didapatkan dari riset. Mestinya hasil-hasil tersebut dalam bentuk paragraf dapat digunakan untuk membuat rumusan hasil-hasil (findings) yang signifikan dari riset. Dalam kesimpulan juga jamak dimasukkan rekomendasi atau saran atau arahan penelitian lanjutan.
  3. Satu bab terdiri dari satu sub bab, atau satu sub bab terdiri dari satu sub sub bab. Mestinya satu level heading hanya bisa dibuat turunan bila ada minimum dua sub heading.
  4. Sedikit tambahan kesalahan lainnya, Gambar dan tabel tidak dirujuk dalam teks. Mestinya penulis bisa menggunakan fasilitas “add caption” dan “insert cross-reference”. Kalau anda menggunakan fasilitas itu, maka urutan nomor gambar/tabel dan rujukannya dalam teks akan otomatis berubah kalau ada tambahan gambar/tabel atau diubah urutannya. Fasilitas ini sejak jaman WordStar atau ChiWriter sudah ada. Software apa itu? tanya kakek anda.
  5. Halaman dalam Daftar Isi, Daftar Tabel, dan Daftar Gambar tidak sesuai. Mestinya anda dapat menggunakan fasilitas “insert TOC” dan “insert table of figures/tables”. Fasilitas ini juga sudah ada sejak gedung Microsoft masih berupa garasi.

Silahkan dicermati dan (mungkin) perlu dilupakan.

Salam,

@dasaptaerwin

Many ways to get originality

conceptoriginality

(Phillips and Pugh, 1984, How to get a PhD, Open University Press, Buckingham – Philadelphia)

Menurut para reviewer jurnal berpengalaman, yang pernah saya survei di
jejaring www.researchgate.net, originalitas dapat dibagi menjadi dua
golongan besar:

  1. Yang pertama, dan yang mudah dicapai, biasanya adalah karya yang menampilkan hasil yang baru. Hasil yang disampaikan tidak mengikuti hasil-hasil yang sebelumnya pernah dibahas atau ditulis oleh peneliti atau penulis sebelumnya. Dalam ilmu kebumian bisa diambil contoh mudah. Ada satu lokasi yang mengandung satu sesar
    besar. Selama ini sesar tersebut selalu disebut sebagai sesar geser yang homogen di sepanjang bagiannya. Nah, anda sebagai peneliti kesekian, mendapatkan beberapa bukti yang menyatakan bahwa ada segmen tertentu yang lebih cocok disebut sebagai sesar normal. Atau contoh lain, anda datang di satu wilayah perkotaan di tepi pantai yang telah mengalami intrusi air laut dalam bentuk zona. Data anda yang lebih rapat, membuktikan bahwa intrusi air laut tersebut mengikuti jalur-jalur unik menjari. Dari data geofisika, anda dapati bahwa jalur-jalur air asin tersebut mengikuti alur-alur sungai purba yang menjorok ke laut. Pastinya ada banyak contoh lain yang bisa anda cari.
  2. Golongan kedua adalah karya ilmiah yang menggunakan pendekatan, teknik, atau metode baru, yang sekaligus mampu menyampaikan hasil-hasil yang unik. Pendekatan itu dapat membantu pengembangan ilmu secara signifikan. Bisakah anda cari contoh yang seperti ini. Tidah harus rocket science atau Nobel prize research ya.

Pendapat lain dari Phillips and Pugh dalam bukunya yang berjudul Hot to get a PhD terbitan Open University Press pada tahun 1984 (masih dicari bukunya), menyatakan bahwa ada 12 cara macam originalitas, walaupun terus terang saya perlu waktu untuk mencari contohnya, yaitu:

  1. Menjadi yang pertama kali menyampaikan informasi
    baru,
  2. Mengembangkan atau berkolaborasi dalam kegiatan riset yang
    sedang berjalan, untuk menghasilkan hal-hal baru,
  3. Mengerjakan ulang (mereproduksi) hasil karya orang lain, yang ternyata
    menghasilkan informasi baru,
  4. Menciptakan produk (barang) baru,
    atau mengembangkan yang telah ada sebelumnya untuk menambahkan
    nilai atau fungsi yang baru,
  5. Mereinterpertasi teori yang sudah
    ada, dalam konteks yang berbeda,
  6. Mendemonstrasikan originalitas
    dengan menguji ide milik orang lain,
  7. Mengerjakan riset empiris
    yang belum pernah dikerjakan sebelumnya, misal membuat kuesioner
    tentang suatu hal yang belum pernah diuji
    sebelumnya,
  8. Menggunakan pendekatan metode yang berbeda untuk
    menjawab masalah,
  9. Membuat sintesis informasi dengan cara yang
    berbeda,
  10. Menyusun interpretasi baru dari data atau informasi
    yang telah ada. Sepertinya ini biasa terjadi di bidang /geosains/.
  11. Mereproduksi suatu riset pada konteks yang
    berbeda, untuk bidang geosains, misalnya mencoba suatu metode yang
    pernah dilakukan di luar negeri ke suatu lokasi di Indonesia yang
    mirip kondisi geologinya,
  12. Mengaplikasi ide yang sudah ada di
    lokasi yang baru. Ini juga kerap kita lihat di bidang geosains,
  13. Mengembangkan perangkat atau teknik multi disiplin
    untuk memecahkan suatu masalah,
  14. Mengembangkan portofolio riset,
    berisi kerangka historis, plus dan minus, sejenis literature review, yang dapat memberikan kontribusi kepada khasanah ilmu
    pengetahuan,
  15. Mengadakan kajian yang belum pernah diriset
    sebelumnya,
  16. Membuat analisis kritis terhadap hasil riset yang
    belum pernah diuji keabsahannya,

Date: 2015-08-11

Author: Dasapta Erwin Irawan

Org version 7.9.3f with Emacs version 24

Validate XHTML 1.0

cc

Artikel ini dibuat dengan lisensi Creative Commons yang dapat disebarkan secara langsung dengan ketentuan:

  1. “BY”: atribution -> dengan menyebut sumbernya (alamat tautan blog ini)
  2. “NC”: non commercial -> untuk kegiatan atau dokumen turunan yang sifatnya non-komersial
  3. SA: share alike -> mengutip hendaknya secara langsung tanpa disunting, kecuali bila ada kesalahan ketik dalam dokumen blog post ini.

WTF: Apakah csl itu?

Table of Contents

Naskah ini merupakan draft awal yang menjadi bagian dari buku Menulis (ilmiah) itu menyenangkan yang ditulis oleh saya dan istri saya. Ilustrasi oleh: Fusi. Tulisan ini diilhami diskusi yang kami ikuti berkaitan dengan template tugas akhir. Seperti biasa, naskah ditulis dalam format text file menggunakan Emacs org-mode. Semoga bermanfaat.

1 Gaya sitasi

Anda pasti pernah melihat Daftar Pustaka. Isinya adalah identitas lengkap rujukan yang telah anda gunakan dalam teks. Mungkin isinya akan seperti ini:
`

Irawan, DE., Silaen, H., Sumintadireja, P., Lubis, RF., 
Brahmantyo, B., and Puradimaja, DJ. (2014). 
Groundwater-surface water interactions of Ciliwung River streams, 
segment Bogor-Jakarta, Indonesia, Environmental Earth Sciences, 
73(7). doi:10.1016/j.obhdp.2007.08.002

Kalau anda bandingkan antara dua jurnal yang berbeda, seringkali gaya penulisan pustakanya berbeda. Ini karena di dunia setidaknya dikenal ada empat gaya sitasi:

  • APA
  • MLA
  • Harvard
  • Vancouver

Masing-masing memiliki format tersendiri untuk penulisan rujukan maupun teknik menulis rujukan dalam teks. Bila rujukan yang anda gunakan, hanya lima atau 10, mungkin tidak masalah kita ketik manual. Tapi kalau jumlah rujukannya sudah 50 bahkan lebih, maka anda akan memerlukan aplikasi yang mendukung citation management.

Seperti yang telah sering saya jelaskan, bahwa komponen dari citation manager terdiri dari:

  1. aplikasi citation manager, misal: Zotero, Mendeley, EndNote,
  2. konektor ke perambah (/browse/r): anda bisa menggunakan Google Chrome, Mozilla Firefox, atau Safari,
  3. konektor ke pengolah kata: anda bisa menggunakan LibreOffice, TexStudio (LaTex), atau Microsoft Office.
  4. citation style language (csl) file: file ini ada yang sudah terinstalasi di dalam aplikasi citation manager, tapi anda akan perlu menginstalasi file csl tambahan untuk sesuai dengan permintaan jurnal tujuan anda menulis.

2 File CSL

CSL adalah singkatan dari Citation Style Language. Ini adalah file text (ASCII) yang dapat anda buka dengan aplikasi “Notepad” biasa. Sesuai namanya file ini menyimpan gaya sitasi. Biasanya nama filenya adalah nama akan sesuai dengan gaya sitasi, misal: hydrogeology-journal.csl.

Isinya kurang lebih adalah sebagai berikut:

<style xmlns="http://purl.org/net/xbiblio/csl" version="1.0" default-locale="en-US">
<!--
 Generated with https://github.com/citation-style-language/utilities/tree/master/generate_dependent_styles/data/springer 
-->
<info>
<title>Hydrogeology Journal</title>
<title-short>Hydrogeol J</title-short>
<id>http://www.zotero.org/styles/hydrogeology-journal</id>
<link href="http://www.zotero.org/styles/hydrogeology-journal" 
rel="self"/>
<link href="http://www.zotero.org/styles/springer-
xbasic-author-date" 
rel="independent-parent"/>
<link href=
"http://www.springer.com/cda/content/document/cda_downloaddocument/
Key_Style_Points_1.0.pdf" 
rel="documentation"/>
<link href="http://www.springer.com/cda/content/document/
cda_downloaddocument/manuscript-guidelines-1.0.pdf" rel="documentation"/>
<category citation-format="author-date"/>
<category field="science"/>
<issn>1431-2174</issn>
<eissn>1435-0157</eissn>
<updated>2014-05-18T01:40:32+00:00</updated>
<rights license="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License
</rights>
</info>
</style>

Mumet bukan?

Dengan demikian nama csl harus diketahui sebelum anda mengunduhnya
dari repositori csl, dalam hal ini kita akan menggunakan citation
manager
Zotero yang repositorinya ada di tautan:
http://www.zotero.org/styles. Jadi daripada harus belajar programming
csl file, lebih baik, cari namanya kemudian unduh filenya.

3 Aliran kerja citation management

Secara sederhana, pengelolaan sitasi atau citation management dapat dijelaskan dalam diagram alir sebagai berikut. Komponen utamanya adalah:

  • aplikasi citation management,
  • connector to browser dan connector to word-processor.

Aliran kerja diawali dengan anda mencari rujukan yang anda perlukan melalui perambah/browser (anda dapat menggunakan Chrome, Firefox, atauapun Safari). Umumnya para pengguna akan mengunjungi situs database ilmiah sebagai berikut:

  • Google Scholar
  • Scopus
  • Sciencedirect
  • Proquest
  • dll

citmanage.png

Figure 1: Aliran kerja citation management

Saat anda menemuka makalah yang anda perlukan, selain mengundung pdf filenya, yakinkan anda mengunduh citation info (cari tombol “Export” atau “Export” citation), pilih format citation info yang sesuai dengan citation manager yang anda gunakan. Bila anda memilih format “BibTex” atau “text file”, maka umumnya semua aplikasi citation manager akan mengenalnya. Citation info adalah metadata dari setiap rujukan yang anda unduh. Nantinya, citation info akan di-import ke dalam aplikasi citation manager anda, hingga menghasilkan item sitasi yang siap untuk dirujuk dalam teks. Anda dapat pula menempelkan pdf file ke item sitasi yang bersangkutan.

Cara lainnya, adalah, bila anda menggunakan Zotero dan telah menginstalasi browser connector, anda dapat langsung meng-klik tombol bergambar “huruf Z” atau “folder warna biru”. Hasilnya akan muncul form pilihan sitasi mana yang diperlukan, atau klik saja “Select all”. Kemudian secara otomatis, browser connector akan mengunduh citation info dan pdf file (bila memang tersedia) dan memasukkannya ke dalam library di aplikasi Zotero. Akan lebih baik anda buka terlebih dahulu Zotero, pilih library atau koleksi target penyimpanan atau buat baru, sebelum anda melakukan langkah tersebut di atas.

Hasilnya dapat langsung anda lihat di koleksi Zotero anda. Semua citation info dan pdf file akan tersimpan di dalamnya. Mudah dan cepat bukan.

4 Contoh

Bila ada kasus seperti ini:

Dalam template tesis/disertasi ada format sitasi yang dibakukan. Pertanyaan: apa nama gaya sitasinya? Misal APA, MLA, Harvard? Atau merujuk ke jurnal-jurnal tertentu.

Bila anda menghadapi hal ini, setidaknya anda harus mengetahui bidang ilmunya, misal: apakah ilmu kebumian (earth sciences) atau ilmu alam (natural sciences). Bila ada sudah tahu, maka anda dapat mengunjungi repositori csl dari citation manager yang anda gunakan. Bila anda menggunakan Zotero, maka anda harus ke http://www.zotero.org/styles. Masukkan kata kunci bidang ilmunya, bila anda sorot tautan hasil pencarian, maka akan muncul preview dari gaya sitasi yang bersangkutan. Kemudian anda cocokkan saja dengan contoh yang diberikan.

Namun bila anda sudah melakukan hal di atas dan ternyata tidak ditemukan gaya sitasi yang mirip, maka mungkin bidang ilmunya keliru. Coba kata kunci yang lain. Cara lain bila sudah buntu, ya harus belajar bagaimana membuat csl sendiri. Pilih saja gaya sitasi yang paling mirip, kemudian anda edit. Saya belum dapat memberikan tutorial karena memang saya juga masih belajar.

Sebenarnya karena csl file adalah text file dan punya format baku, maka anda dapat bebas mengikuti tutorial yang banyak tersedia di dunia maya. Tapi kalau anda menggunakan Zotero, saya sarankan anda kunjungi tautan berikut: https://www.zotero.org/support/dev/citation_styles/style_editing_step-by-step.